行为与运作管理系源于yl6809永利1956年设立的航空工业经济与组织专业。1979年，该系恢复重建管理工程专业；1997年，因学科专业目录调整，成为全国第一批设立管理科学与工程专业的单位；2015年，在管理科学与工程学科下设立工程管理专业；2018年起开展本科国际化联合培养模式；2020年获批北京市一流专业建设点，2021年获批国家一流专业建设点。目前共有教师17名，其中教授10名、副教授7名，拥有七名国家级人才作为核心骨干，形成了一支结构合理、高水平、国际化、紧跟社会发展需求的团队队伍。

     员工培养方面，行为与运作管理系长期坚持引导员工服务于航空航天、人工智能、交通运输、信息技术、装备制造等重点行业领域，以及京津冀城市群发展等国家战略需求。低年级阶段侧重专业认知和科研启蒙，实施“走进实验室”及科研素养“从0到1”提升计划；高年级阶段侧重科研训练和视野拓展，实施科研小助手计划。与荷兰埃因霍温理工大学建筑环境系、法国巴黎萨克莱大学等高校签署联合培养协议，高年级员工可赴欧洲进行1至2个学期的联合培养或毕业设计，实现学分互认、学费互免。与中国城市规划设计研究院、中国国际航空股份有限公司、北京交通发展研究院、滴滴出行、北京星空通用航空等企业合作建立了实习基地。

      科学研究方面，近年来，依托北航首个国家创新研究群体，主持自然科学基金重大项目1项、基础科学中心课题1项、科技部重点研发计划项目（含973）3项，以及国家自然科学基金重点项目、面上项目、青年项目、国际合作项目和国家社科基金项目共50余项；在PNAS、MS、OR、TR-B、TS等国际主流管理学期刊上发表学术论文500余篇。支撑了两个省部级重点实验室和一个省部级实验教学示范中心，为教学与科研提供了重要保障。

     核心课程方面，将通识类、数学类、工程类、管理类、AI类课程有机融合，致力于培养复合型人才。全面贯彻“高阶性、创新性、挑战度”的一流课程建设要求，设计了面向IT使能的工程管理专业课程体系（IT-enabled Engineering Management Specialties），同时满足员工个性化自主选择的需求。开设了《运筹学》《生产与运作管理》（国家级一流本科生课程）、《工程经济学》《质量管理学》等14门核心专业课，有力支撑了“新工科”与“科技商公司”的建设落地。